Il existait jadis un démon renard à neuf queues. Le battement de chacune d'elles faisait s'écrouler les montagnes et provoquait des raz-de-marée. Les ninjas de Konoha, accablés par ce monstre, se rassemblèrent pour essayer de contenir le démon jusqu'à l'arrivée du 4ème hokage, le ninja le plus puissant que Konoha ai connu. Celui-ci, après un dur combat, parvint à sceller l'âme du démon à l'intérieur du corps d'un nouveau-né orphelin, Uzumaki Naruto. Cet exploit lui couta cependant la vie.

Naruto grandit à Konoha. Il n'avait pas de parents et par conséquent, recherchait continuellement l'attention, l'affection, la reconnaissance de tout le monde. Les villageois s'étaient juré de ne pas révéler à la futur génération ce qui habitait le corps de Naruto. Malgré le fait que Naruto soit le symbole de la victoire du 4ème hokage sur le démon, les villageois le fuyaient et le méprisaient. La solitude accablait Naruto, qui ne cessait de faire le pitre pour se faire remarquer.
Etudiant ninja plus que médiocre, son rêve est de surpasser tous les précédents hokages pour enfin être reconnu par les villageois. Malgré tous ses efforts il était toujours le dernier de sa classe : la manipulation du chakra, indispensable à l'exécution des techniques, était très difficile pour lui car le chakra du démon à l'intérieur de lui le perturbait inconsciemment et l'empêchait de doser correctement le sien.

Le jour de l'examen, Iruka, son professeur, lui demanda d'exécuter la technique "Bushin no jutsu", la technique de clonage. Cette technique était celle qu'il maitrisait le moins et bien sur, il échoua. Sa déception fut d'autant plus grande qu'il était le seul à n'avoir pas obtenu le diplôme et le précieux bandeau ninja.
C'est alors qu'un autre professeur, Mizuki, lui appris que le 3ème hokage avait chez lui un parchemin contenant des techniques très puissantes, pouvant lui permettre d'obtenir enfin son diplôme. 

Naruto, fou de joie, se rendit immédiatement chez le hokage, vola le rouleau de parchemin, et s'enfuit avec dans la forêt.
Il eut à peine le temps d'apprendre une technique qu'Iruka le surpris dans une clairière. Naruto lui expliqua que c'était Mizuki qui lui avait conseillé de voler ce parchemin. Avant d'avoir eu le temps de comprendre, Iruka reçut plusieurs shuriken de plein fouet : c'était mizuki qui à présent voulait prendre le rouleau à naruto. C'est alors qu'Iruka sauva naruto à la dernière seconde en s'interposant. Voyant que Mizuki s'apprêtait à tuer Iruka, naruto utilisa alors la technique qu'il venait juste d'apprendre : "Kage Bushin no jutsu", le clonage de l'ombre. Il créa 1000 clones matériels, qui, contrairement aux clones classiques, ne sont pas des illusions. Naruto terrassa alors Mizuki. Iruka, témoin de la scène, donna son bandeau ninja à naruto pour lui montrer qu'il avait réussi l'examen et qu'il était devenu genin.

Naruto était seulement au début de son long parcours. A présent il allait être intégré dans une équipe de trois genin afin de remplir de nombreuses missions, assistés d'un professeur.
Il voulait à tout prix se retrouver dans la même équipe que Haruno Sakura, une fille qu'il aimait. En revanche il ne voulait surtout pas être dans la même équipe Uchiwa Sasuke, un prétentieux que toutes les filles de la classe admiraient, Sakura en tête. Finalement, il se retrouva avec Sakura et Sasuke. Les missions allaient pouvoir débuter...